Con respecto a los allowances, y como bien señalan en este foro, la regla general es que los mismos se consideran ingresos de salarios. Por consiguiente, están sujetos a retención como cualquier compensación salarial.
No obstante, pueden existir reglas especiales para ciertos tipos de pagos cuando los mismos se realizan dentro del contexto de un “Accountable Plan”.
Puede encontrar más información al respecto en los siguientes enlaces:
IRS: https://www.irs.gov/taxtopics/tc514.html
If your employer reimbursed you or gave you an advance or allowance for your employee business expenses that is treated as paid under an accountable plan, the payment should not appear as income on your Form W-2 (PDF), Wage and Tax Statement. You do not include the payment in your income, and you may not deduct any of the reimbursed amounts.
Hacienda: http://www.hacienda.pr.gov/downloads/pdf/reglamentos/8297.pdf